San Juan Raya se encuentra al sur-este del Estado de Puebla. Se halla dentro de la Reserva de la Biosfera Tehuacán - Cuitcatlán, al sur occidental del Valle de Tehuacán.
Se accede a través de la carretera nº 125 (Tehuacán - Huajuapan de León, Oaxaca), a solo 47 kilómetros de la ciudad de Tehuacán, Puebla.
Desde esta población se puede contemplar el apacible y árido paisaje, donde predomina la vegetación de matorral con izotes y cactáceas.
El lugar adquiere mayor importancia por la gran cantidad de fósiles marinos que se localizan en sus alrededores, entre estos se encuentran caracoles, conchas, almejas, puntas de erizos y estrellas de mar.
